1細胞全ゲノムシーケンスの話

ツイッター見てたらこんなニュース。

【福島で「全ゲノム解析」　被曝調査で環境相表明】

(MSN産経ニュース)

いやねえ、なかなか難しいと思いますよ。てのが最初の感想。実験デザインによるとは思いますが、少なくとも

●集団内、集団間のbasalの変異率の基礎データ

（福島県にピンポイントであるんですかね？）

●1細胞ゲノムシーケンス技術（今の技術じゃ無理じゃないですかね？）

を踏まえた上で、じゃあ

●1人何細胞測定するの？

●集団あたり何人測定するの？

●何集団ぐらい測定するの？

を考えると、すっげー適当に概算して、

10000細胞/人x1000人/集団x3~4集団x100万円/1サンプルあたりのシーケンスコスト

=30〜40兆円

くらいがかなり少なめに見積もった僕のフェルミ推定。
ちなみに予算は61億だそうです。。

まあそれはそれとして、1細胞ゲノムシーケンスってできるんですか？ってのを少し調べたら、single-cell whole genome exomeの論文が今年になって出ているようで、

てことは近い将来技術的には可能ってことになりますね（ていうかすでにやってるでしょうね）。

ランダムにゲノムを増幅してシーケンスタグを作れば、まあできそうなイメージですが、

実際にWhole-Genome Amplificationという方法があるそうで。これは勉強不足でした。

てことは、こういう方法を導入して、大規模かつ低コストで運用できるような技術と体制を作って、科学的に検証可能なデータが得られる実験デザインが組めるのであれば、やる意義は大きいですね。

前向きなご意見の方もいらっしゃいます。

全血からゲノム取ってきて、バルクで全ゲノムシーケンスして、みたいなデザインで進めないようにして欲しいところです。