2025年2月15日土曜日

最近の研究活動 ver2025.2

しばらく投稿を止めてましたが、自分の情報整理も兼ねてポチポチ投稿を再開しようと思います。


Juntendo Health Journalの掲載ページはこちら



少し前ですが、Nature Methods誌にも3D tissue histologyの特集号が組まれ、我々のCellomicsのwhite paperが掲載されました。組織透明化分野のパイオニアであるAli Erturkらが取得した全脳画像が表紙を飾っています。


関連するwhite paperを日本顕微鏡学会誌のMicroscopyにも掲載(初の単著論文!)


Cellomicsの応用を今年くらいから論文にまとめていきます

(2025.2.15)

2021年2月14日日曜日

医学研究者がPythonで動く顕微鏡を作ろうとする話(2):DAQの話

 
今日はDAQカードについての情報をまとめます。


DAQ = data acquisition


"Data acquisition is the process of sampling signals that measure real world physical conditions and converting the resulting samples into digital numeric values that can be manipulated by a computer. "


機器類 ⇄ アナログ信号 ⇄ DAQカード ⇄ デジタル信号 ⇄ PC
ここで Analogue/Digital or Digital/Analogue変換を行なっているのがDAQカード


ここのチュートリアルサイト
がよくまとまっているので、ポイントを抜粋。

●アナログ入力
・デファレンシャル(2つの入力ライン間での電圧を計測
または
・シングルエンド(AD変換器個々の入力チャンネルに加わる電圧と変換器のグランド(接地)間の電圧を計測
での2つの入力方法がある

解像度(bit depth)、線形性に注意

●入力アンプの組み合わせ、低い入力レベルでのノイズに注意

●サンプリング周波数→スループットに影響

●アナログ出力
デジタルデータがあらわす値から参照電圧(ground=0Vから、または2極間電圧)を用いて出力

●デジタル出力
ひとつのデジタル出力レベルは、直流の出力電圧を出力、ステップ波形を形成

●データ転送方法
転送に占有(Pallモード)、PCの他プロセスの割り込み許可(interruptモード)、メモリとの直接やりとり(DMA: direct memory access)


で、このDAQカードをどこで使うかというと、例えばdaoSPIMの場合は

"The microscope is controlled via GUI program which links together:
  • camera (Hamamatsu Orca Flash4.3)
  • stage (ASI MS-2000)
  • light-sheet generator (based on NI PCIe-6321 DAQ board and arm switcher)
  • deformable mirror (ImagineOptics Mirao52e)
  • electro-tunable lens (Optotune EL-16-40-TC-VIS-5D-C)"
(以上、GitHubより引用)
とあるので、主にガルバノミラー周りの制御に必要らしい。