医学研究者がPythonで動く顕微鏡を作ろうとする話（1）

透明化組織を観察するためのライトシート顕微鏡（市販品じゃないやつ）を導入しようとしています。

最近は

by iflamery

とか、

by iflamery

とか、Pythonで顕微鏡の制御ソフトウェア書いているmicroscopistが少しずつ出てきている状況。

※GitHubでコードが公開されています

mesoSPIM

daoSPIM 

で、僕が導入中のOpen-top Light-sheet fluorescent microscopy (OTLS, developed by Dr. Adam Glaser @adam_k_glaser on twitter)もPythonで動かしてるらしく。

チュートリアルや教科書を探そうと思ってAdamに聞いたら、

"Hmm for Python hardware control, unfortunately not 😔 There are only a few of us microscopists moving in this direction and it is still quite new".

「Python使うのはナウいんで、ほとんどそういうのないんだよね（意訳）」

😩　OK状況はわかった。

プログラミング？ど素人に毛根がついた程度*です。

*より正確に書くと、ImageJのマクロ（数十〜500行くらい）を日常的に触って慣れている程度

Python? 2週間くらい前に初めてjupyter notebook触りました。

顕微鏡？横で作ってるのはみたことあります。

というレベルから、（本当に導入するのに成功するかはさておき）Pythonで動く顕微鏡を構築する人がやったことをログしてみます。

(緩募) Pythonでハードウェア制御する方法を学ぶのに良い教科書やチュートリアル。制御したいのは顕微鏡用のカメラ、ステージetcです。

— すいしぇ/Susaki EA (@suishess) February 10, 2021

と聞いてみたら、株式会社オプトラインの技術情報を教えていただきました。

顕微鏡ステージをPythonで動かす例

顕微鏡cMOSカメラをPythonで動かす例

この辺りから勉強を始めてみます。